Pembunuhan misterius telah terjadi di seluruh dunia. Tersangka adalah mata-mata yang mengakses file rahasia. Di Jepang, wanita ini menerobos masuk ke markas polisi Tokyo dan mengakses file rahasia mata-mata yang ditanam di Organisasi Hitam oleh banyak badan intelijen: MI6 Inggris, CSIS Kanada, BND Jerman, dan CIA Amerika dan FBI. Sebelum mata-mata ini dapat mencuri file, Rei Furuya tiba dengan seorang kader perwira polisi rahasianya. Mata-mata itu membuat liburan di mobil curian, tetapi Rei segera menyusul di Mazda FD RX-7 miliknya. Dua joki untuk posisi di jalan raya dan akan menyebabkan kecelakaan besar. Sebelum mereka bisa jatuh, Shuichi Akai menangkap mobil mata-mata dari kap mobil Ford Mustang berwarna merah dan putih. Mobil mata-mata itu jatuh dari jalan raya dan meledak.
Keesokan harinya, Conan, Profesor Agasa, Haibara, dan Detektif Boys bertemu di "Tohto Aquarium" yang baru direnovasi. Di bawah pusat taman, sebuah galah besar, mereka menemukan seorang wanita yang terluka dengan "mata aneh" (heterochromia). Wanita itu menderita kehilangan memori, dia tidak tahu namanya sendiri dan bahkan ponselnya rusak. Conan dan teman-temannya memutuskan untuk tetap bersama dengannya dan membantunya untuk memulihkan ingatannya yang hilang. Tidak diketahui Conan dan teman-temannya, Vermouth telah bersembunyi di dekatnya dengan pistol yang dibungkam dan telah mendengar semuanya. Dia menarik